强奸罪审问由公安机关负责。依据《中华人民共和国刑事诉讼法》，公安机关负责刑事案件的侦查、拘留等，强奸罪属于公诉案件，由公安机关进行立案侦查，然后交由检察院审查起诉。如不及时处理，可能导致证据灭失，影响案件侦破和定罪。
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